Freies Chlor beschreibt die HOCl-Säure im Wasser, die desinfizierend wirkt. Durch einen hohen Anteil an freiem Chlor ist das Wasser hygienisch sauber und klar. Für eine bestmögliche desinfizierende Wirkung sollte der Anteil an freiem Chlor bei circa 1 und 1,5 mg/l liegen. Im Unterschied dazu sind an gebundenem Chlor Fremdstoffe, wie beispielsweise Bakterien gebunden und dadurch ist die desinfizierende Wirkung eingeschränkt. Der typische Chlorgeruch entstammt dem gebundenem Chlor, freies Chlor ist im Wasser geruchlos.

In Spas ist das organische Chlor von Vorteil. Grund ist die Stabilisierung des Chlors durch Cyanursäure im Beckenwasser. Dadurch verringert sich der unerwünschte Abbau des Chlors durch die hohe Wassertemperatur des Wassers im Spa. Nur das freie Chlor (HOCl) ist in der Desinfektion wirklich relevant. HOCl an Cyanursäure gebunden (z. B. als Dichlor 56) ist so gut wie nicht wirksam, dient aber als Reserve für das freie Chlor. Freies Chlor wird innerhalb von wenigen Sekunden aus Dichlor 56 freigesetzt, wenn zu wenig freies Chlor im Becken ist. Es wird lt. dem Hersteller Bayrol aktuell in den meisten Regelwerken davon ausgegangen, dass unterhalb des Cyanursäure-Grenzwertes von 100 mg/l der Einfluss auf die Desinfektionswirkung begrenzt ist und die Desinfektion noch sichergestellt ist, wenn die entsprechenden Werte an frei verfügbarem Chlor eingehalten werden. Bei Werten über 100 mg/l Cyanursäure empfiehlt Armstark einen Wasserwechsel. (Siehe Tabelle)